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Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒上線啦！

更新時間：2026-01-12   點擊次數(shù)：145次

Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒上線啦！

 

細(xì)胞如何精確掌控基因的表達(dá)時空？其核心機(jī)制在于調(diào)控蛋白間錯綜復(fù)雜的相互作用——這些蛋白協(xié)同決定了染色質(zhì)的可及性與三維構(gòu)象。這套精密的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)不僅塑造了細(xì)胞的身份特征，也維系著基因組的穩(wěn)定；一旦紊亂，便會誘發(fā)多種疾病。值得注意的是，基因調(diào)控主要作用于單個線性染色質(zhì)分子層面，因此要繪制完整的染色質(zhì)調(diào)控圖譜，亟需一種能在高分辨率下同步捕獲多重染色質(zhì)特征的技術(shù)，F(xiàn)iber-seq正是為實現(xiàn)這一愿景而誕生的創(chuàng)新方法。


 

  什么是 Fiber-seq？ 

2020年, 華盛頓大學(xué)研究團(tuán)隊在“Single-molecule regulatory architectures captured by chromatin fiber sequencing" 一文中發(fā)表突破性成果, 正式推出Fiber-seq技術(shù)。該方法依托第三代測序平臺-PacBio HiFi, 可在核苷酸分辨率上解析長達(dá)數(shù)千堿基的染色質(zhì)纖維初級結(jié)構(gòu)。

 

Fiber-seq 的核心優(yōu)勢在于能夠從單條染色質(zhì)纖維同步獲取遺傳與表觀遺傳圖譜。其策略是利用甲基轉(zhuǎn)移酶Hia5對開放染色質(zhì)區(qū)域的腺嘌呤進(jìn)行甲基化, 生成N?-甲基腺嘌呤 (6mA) 標(biāo)記, 從而將染色質(zhì)可及性信息“ 印刻 "(stencil) 到DNA分子上。隨后,通過Pacific Biosciences® (PacBio®) HiFi或Oxford Nanopore Technologies® (ONT) 等長讀長測序技術(shù), 可在單個DNA分子上并行檢測這些人工引入的6mA標(biāo)記與內(nèi)源性DNA甲基化修飾, 實現(xiàn)真正的單分子多組學(xué)分析

 

如需購買Epicypher公司產(chǎn)品，請聯(lián)系Epicypher授權(quán)代理商欣博盛生物。


  Fiber-seq的工作流程  

Fiber-seq 的工作流程簡單且可擴(kuò)展(見下圖)：

Fiber-seq 的工作流程簡單且可擴(kuò)展.jpg

 

● 標(biāo)記開放染色質(zhì)：提取細(xì)胞核, 并與 CUTANA™ Hia5 短暫孵育10分鐘。該酶會對可接近的腺嘌呤進(jìn)行甲基化, 生成 N6-甲基腺嘌呤(6mA)。

● 建庫與測序：使用標(biāo)準(zhǔn)的長讀長文庫制備方法, 對基因組DNA進(jìn)行純化和建庫, 適用于 PacBio 或 Nanopore 測序平臺。

● 分析長讀長測序數(shù)據(jù)：長讀長測序平臺能夠同時檢測 “ 標(biāo)記 "(stenciled) 的甲基化信號和內(nèi)源性DNA甲基化, 從而生成單分子水平的染色質(zhì)特征圖譜。研究人員還可將數(shù)據(jù)匯總, 進(jìn)行群體水平的分析。

 

  Fiber-seq 結(jié)果案例  

Fiber-seq 結(jié)果案例.jpg

● 圖例所示為：CUTANA™ Fiber-seq 在人白血病細(xì)胞(K562)中同時檢測開放染色質(zhì)(以N?-甲基腺嘌呤，即6mA標(biāo)記)和DNA甲基化(5mC)。該圖將Fiber-seq結(jié)果與ATAC-seq及CTCF CUT&RUN數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。CTCF是一種結(jié)合DNA的蛋白，可調(diào)控染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，通常富集于開放染色質(zhì)區(qū)域。Fiber-seq圖譜中的每條水平線代表一條長讀長序列，展示了來自60條獨立染色質(zhì)纖維的單DNA分子數(shù)據(jù)。

 

  Epicypher的CUTANA™Fiber-seq試劑盒可以提供什么？  

Fiber-seq技術(shù)為染色質(zhì)生物學(xué)、表觀基因組學(xué)及疾病機(jī)制研究開辟了全新視角，應(yīng)用前景廣闊。為推動該技術(shù)的普及應(yīng)用，Epicypher與PacBio合作，憑借其在表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的深厚積淀，已將CUTANA™ Hia5酶(貨號: 15-1032-8rxn,15-1032-24rxn)商業(yè)化，并全新推出CUTANA™ Fiber-seq試劑盒(貨號: 14-2001-8rxn,14-2001-24rxn)。該試劑盒包含從細(xì)胞出發(fā)、直至獲得可用于文庫構(gòu)建的純化DNA所需的全部關(guān)鍵試劑：

 

ltem

Cat. No.

CUTANATM Hia5 For Fiber-seg

15-1032

CUTANATM  Fiber-seq Kit SAM

21-1034

CUTANATM Fiber-seq Kit Pre-1X Reaction Buffer                      

21-1033

CUTANATM Pre-Nuclei Extraction Buffer

21-1021

1 M Spermidine

21-1005

Proteinase K

15-1033

RNase A

15-1034

gDNA Spin Columns

10-0016

gDNA Collection Tubes

10-0017

gDNA Cell Lysis Buffer

21-1029

gDNA Binding Buffer

21-1030

gDNA Wash Buffer

21-1031

gDNA Elution Buffer

21-1032

 

推薦的Fiber-seq起始樣本量為：每反應(yīng)使用1,000,000個原代人細(xì)胞核。該試劑盒已成功應(yīng)用于凍存細(xì)胞核及輕度交聯(lián)的細(xì)胞核(有關(guān)最-新操作建議, 請參閱技術(shù)支持中心)。

 

  Epicypher CUTANA™ Fiber-seq試劑盒的主要優(yōu)勢：

● 單次檢測，多組學(xué)洞察：Fiber-seq 可在一次實驗中同時分析染色質(zhì)可及性、DNA甲基化和遺傳變異，將通常需要三種或更多獨立實驗才能獲得的信息整合到一次長讀長測序(long-read sequencing，LRS)實驗中。

● 完整解決方案：該試劑盒包含從細(xì)胞出發(fā)、直至獲得可用于文庫構(gòu)建的純化DNA所需的全部關(guān)鍵試劑。

● 用戶友好資源：配套的《用戶手冊》可以提供詳細(xì)實驗流程、質(zhì)量控制(QC)要點、常見問題解答(FAQ)以及專家建議，助您快速上手；此外，經(jīng)過實驗驗證的《快速啟動卡》(Quick-Start Card)以簡潔格式呈現(xiàn)操作步驟，便于實驗臺旁隨時查閱。 (需要這些資源的友友們可以聯(lián)系Epicypher一級代理商欣博盛生物)。

● 輕松整合工作流程：Fiber-seq 可在常規(guī)長讀長測序文庫制備前直接進(jìn)行，整個流程耗時不到2小時，并且所用試劑均經(jīng)過驗證，與主流LRS平臺(如 PacBio 和 Oxford Nanopore)的文庫制備試劑盒兼容。

● 搭載 Hia5 6mA 甲基轉(zhuǎn)移酶：Hia5 是目前活性最-高的 6mA 甲基轉(zhuǎn)移酶，為 CUTANA Fiber-seq 試劑盒獨-家使用。這種高活性酶可顯著縮短孵育時間，從而實現(xiàn)更高分辨率的蛋白質(zhì)足跡檢測。

嚴(yán)格的質(zhì)量控制：每一批次產(chǎn)品均經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)控檢測，確保各組分在您的研究中提供穩(wěn)定一致的結(jié)果。

 

Fiber-seq是一項突破性技術(shù), 能夠在單條染色質(zhì)纖維水平上同步繪制遺傳與表觀遺傳特征圖譜。僅需一次實驗, 即可獲得原本需整合ATAC-seq、ChIP-seq和亞硫酸氫鹽測序等多種方法數(shù)據(jù)才能實現(xiàn)的深度洞察。Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒提供的試劑可支持從細(xì)胞直接制備出適用于Pacific Biosciences®(PacBio®HiFi測序) 或 Oxford Nanopore Technologies®（ONT®納米孔測序）文庫構(gòu)建流程的純化基因組DNA。

 

Epicypher CUTANA™ Fiber-seq 試劑盒已全新上線 , 期待與您共創(chuàng)未來 ！?

 

 

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